1996
随着迈入另一个新的世纪，许多较年轻的一辈已无法掌握闽南语。因此，本堂执事会议决成立华英主日崇拜，以满足年轻一代的语言需求。
1996年1月3日, 上午8时45分，本堂正式开始了第一堂的华英主日崇拜。其中除了崇拜仪式, 讲台信息也同时以中英文进行。同年4月，本堂圣殿的装修以及装置冷气工程，也全面完工。
1996年6月9日，马来西亚少年军于本堂举行成立50周年感恩礼拜。同年本堂执事会议决成立教育基金，为本堂大专生子弟提供每年RM2,500的奖学金，大学生则可获提供每年RM3,500。
1997
为了响应马来西亚华人年议会会长提议希望青少年在教会的活动可以配合年议会所推动的各种事工，本堂执事会计划在丹绒武雅(Tanjung Bungah)的拉曼学院(Tar College)附近设立一所布道所，以推动高等学府学生事工。
1997年12月21日，本堂执事会议决在槟城中华体育促进会的中餐厅欢庆圣诞晚宴，借此为卫理世纪楼进行筹款。
是晚设宴65桌, 一切经费由杨昭铭执事, 刘顺荣执事, 李国庆执事以及黄益民执事奉献，而所筹获款项，总额RM414,350皆充作卫理世纪楼所需经费。
同年，本堂执事会也议决修改神学奖学金章程，以鼓励更多本堂子弟投入全时间事奉。
1998
这一年, 因着印尼排华动乱事件, 不少印尼华侨纷纷涌到槟城。出席本堂崇拜的印尼华侨人数也开始逐渐增加。执事会于是议决设立由曾国生执事领导的印尼学生事工小组。
扩建6层高的卫理世纪楼图测于1998年8月17日获市政局正式批准。经过投票、磋商后，卫理世纪楼建筑工程于1998年11月12日正式开始动工，并于1998年11月26日由朱新进会督及高传隆会长联合主持动土礼。
1998年9月, 本堂在丹绒武雅开始租用一所半独立屋以充作布道所, 并于10月1日开始，由李福寿弟兄带领英文查经班。
1998年11月23日至26日，第23届马来西亚华人卫理公会年议会迁至槟城举行，本堂为协办单位。 11月26日的大会开幕礼当天，执事会特邀请马来西亚卫理公会会督朱进新博士以及马来西亚华人年议会会长高传隆牧师莅临本堂为卫理世纪楼建筑工程举行动土礼。
1999
1月3日下午5时，丹绒武雅布道所开始了第一堂的主日崇拜。
同年9月，本堂主理黄约辉牧师赴美国东部探访会友以及观光。
1999年10月10日, 本堂承蒙马来西亚华人年议会会长高传隆牧师前来本堂主持卫理世纪楼奠基礼。当天，执事会也设自由餐招待会友。
2000
2000年6月20日，增建2层卫理世纪楼获市政局批准。随着卫理世纪楼建筑工程的全面完工，本堂圣殿也同时进行装修。
装修期间，主日崇拜迁移至卫理世纪楼多加堂进行。圣殿装修工程，也于同年10月完工。
这一年，适逢本堂欢庆设教105年。除了举行感恩礼拜之外，执事会议决捐献救世军、美门残障中心、伊甸残障中心、恩惠老人院、圣约瑟孤儿院、马来西亚神学院、三一神学院、圣经公会、中信月刊、文桥月刊，各马币二千令吉。
这一年，本堂主理黄约辉牧师于11月5日至11月19日赴夏威夷参加哈该学会的领袖训练课程。
2000年11月27日至11月30日，第25届马来西亚华人年议会常年大会再次移师至槟城举行，并由本堂协办。会议中, 本堂主理黄约辉牧师被委任为马来亚华人年议会北部教区教区长，而本堂财政李国庆执事则被推选为执行部以及经济部部员。在大会期间，本堂非常荣幸，再次获得马来西亚卫理公会会督朱进新博士和马来西亚华人年议会会长高传隆牧师前来为本受主持卫理世纪楼落成奉献典礼。
卫理世纪楼